《陰陽師2 陰陽師Ⅱ》平安時代，百鬼夜行，封鬼儀式正在右大臣藤原安麻呂府邸進行。安麻呂之女日美子（深田恭子 飾）戎裝登場，一箭命中靶心，引來全場驚歎。這位被喻爲“連鬼都不敢接近”的公主，卻令源博雅（伊藤英明 飾）暗自傾心。

天現異象，京都騷動，魍魎橫行。平安京已有四人遇害，民間出現驅鬼術士幻角（中井貴一 飾），日美子亦在異象後開始夢遊。博雅爲此替右大臣來請安倍晴明（野村萬齋 飾）商談。

與此同時，宮廷供奉的出雲三神器之一草薙劍也出現了異動。晴明受天皇所託，與博雅開始調查種種異況背後出雲與大和的隱祕淵源。

博雅和夜彈琵琶的神祕少年須佐（市原隼人 飾）相識爲樂友，須佐負傷被日美子所救，三人在右大臣府邸相逢。同一時刻，右大臣主動找到晴明，坦白了十八年前天現異象時，大和攻打出雲的事實…… 本片爲電影《陰陽師》續作。